ALD non exonérante : les indemnités maladie changent au 15 octobre 2026

Actualité RH · JO du 18 septembre 2026 · Vérifié le 9 octobre 2026. Les décrets n° 2026-866 et 2026-867 du 16 septembre modifient certaines durées maximales dérogatoires d’indemnisation pour arrêt maladie à compter du 15 octobre 2026. Pour les affections relevant de la procédure de l’article L. 324-1 du Code de la sécurité sociale, une distinction devient déterminante : la participation aux frais de santé est-elle limitée ou supprimée au titre des 3° et 4° de L. 160-14 ?

Cette réforme concerne notamment les arrêts en affection de longue durée non exonérante. Elle ne signifie pas que tous les arrêts maladie seront désormais indemnisés pendant un an, ni que toutes les personnes déjà en arrêt perdront leurs droits antérieurs au 15 octobre.

ALD exonérante et non exonérante : le point de départ

Une affection de longue durée, ou ALD, relève d’une reconnaissance et d’un suivi médical. Le mot « exonérante » renvoie ici à la participation aux frais de santé. L’Assurance maladie explique qu’une ALD non exonérante peut nécessiter une interruption de travail ou des soins d’une durée prévisible supérieure à six mois sans ouvrir droit à la prise en charge à 100 % des soins concernés.

Le nouveau R. 323-1 fixe à trois ans la période maximale pour les affections relevant de L. 324-1 lorsque la participation est limitée ou supprimée dans les conditions visées. Il la fixe à un an lorsque cette participation ne l’est pas. La durée de reprise du travail permettant de faire courir une nouvelle période est d’un an dans les deux cas.

Ces durées sont des plafonds, pas des garanties de paiement indépendantes de l’état de santé et des autres conditions d’ouverture des droits. Le décompte doit être confirmé par la caisse.

Quels assurés sont concernés ?

Le décret 2026-866 vise notamment les assurés du régime général, les salariés agricoles et les clercs et employés de notaire bénéficiant d’une durée dérogatoire. Le décret 2026-867 adapte des dispositions pour les travailleurs indépendants, les ministres des cultes et membres de congrégations ou collectivités religieuses, ainsi que des dispositions concernant les fonctionnaires de l’État et magistrats.

Un dispositif particulier doit être examiné dans son propre régime. Une disposition du Code de la sécurité sociale sur les indemnités ne suffit pas à recalculer directement le traitement d’un agent public ou le maintien conventionnel d’un salarié privé.

La transition au 15 octobre protège certains droits

L’article 3 du décret 2026-866 et l’article 2 du décret 2026-867 visent les arrêts prescrits à compter du 15 octobre 2026 et les arrêts en cours à cette date pour une incapacité atteignant six mois à compter de cette date.

Ils maintiennent cependant les anciennes dispositions jusqu’au terme de la période maximale de trois ans pour les assurés qui, au 15 octobre, se sont déjà vu reconnaître le bénéfice de la procédure de L. 324-1 et dont la participation n’est pas limitée ou supprimée au titre de L. 160-14. Il faut établir cette reconnaissance dans le dossier : la date de début d’un arrêt, prise isolément, ne suffit pas à régler tous les cas de transition.

Exemple fictif : un assuré a déjà obtenu avant le 15 octobre la reconnaissance correspondant à cette mesure transitoire. Son dossier peut rester soumis à l’ancienne période maximale jusqu’à son terme. Cela ne lui ouvre pas une nouvelle période de trois ans à compter du 15 octobre. Pour un nouveau dossier relevant du régime d’un an, l’Assurance maladie précise que la période commence au premier jour du premier arrêt en lien avec l’affection, sans attendre une nouvelle date choisie par l’employeur.

IJ, maintien de salaire et subrogation

Les indemnités journalières de l’Assurance maladie, le complément de l’employeur et les garanties de prévoyance répondent à des règles distinctes. En cas de subrogation, les IJ peuvent être versées à l’employeur ; il faut rapprocher les décomptes réellement reçus des sommes traitées en paie.

La nouvelle durée ne supprime pas automatiquement un complément conventionnel et ne remplace pas l’analyse du contrat de prévoyance. Ne projetez pas une fin d’IJ sans confirmation de la caisse. Un écart doit être expliqué avant une correction de paie, avec les justificatifs et la période correspondante.

Un volet distinct sur les abus

Le décret 2026-866 ajoute à R. 147-6 la prescription d’un arrêt non justifié obtenue en abusant de la qualité d’assuré pour un avantage injustifié. Cette modification est entrée en vigueur le 19 septembre. Elle relève du dispositif de pénalités de l’assurance sociale ; une longue absence ou un désaccord de gestion ne prouve pas, à lui seul, un abus.

Checklist RH et salarié

1. Identifier le régime d’affiliation et les dates de prescription et d’arrêt.
2. Demander à la caisse la confirmation de la durée et du décompte applicables.
3. Pour une situation ancienne, faire préciser le bénéfice de la mesure transitoire.
4. Rapprocher IJ reçues, maintien applicable et prévoyance, sans les confondre.
5. Préparer l’organisation de l’absence et de la reprise avec les interlocuteurs compétents.
6. Conserver uniquement les pièces administratives nécessaires aux RH.

La qualification médicale appartient aux professionnels et à la caisse. La CNIL rappelle que le dossier médical n’est pas détenu par l’employeur : cette réforme n’autorise pas à demander le diagnostic ou le protocole de soins pour organiser la paie. Nos repères de Code du travail complètent la lecture des règles d’absence et de rémunération.

Chronologie

16 septembre 2026 : signature des deux décrets. 18 septembre : publication au JO, textes n° 24 et 25. 19 septembre : volet sur les pénalités. 15 octobre : application de la réforme des durées selon ses conditions et mesures transitoires. 9 octobre : vérification de cet article, avant cette échéance.